El cloruro de benzalconio es un tensioactivo catiónico que pertenece a la categoría de fungicidas no oxidantes. Tiene un amplio espectro y una eficiente capacidad bactericida y de eliminación de algas, controlando eficazmente la reproducción de bacterias y algas en el agua y el crecimiento de limo. También tiene un buen efecto decapante de lodo y ciertos efectos de dispersión y permeación, así como ciertos efectos desengrasantes, desodorizantes e inhibidores de la corrosión.
Fácilmente soluble en etanol y acetona. Aunque la velocidad de disolución en agua es lenta, las soluciones acuosas son más fáciles de tratar y siguen siendo las preferidas. La solución acuosa debe ser de neutra a ligeramente alcalina, con un color que oscila entre incoloro y amarillo claro. Cuando se agita la solución acuosa, producirá espuma. En la solución concentrada, tiene un sabor amargo y un ligero sabor a almendra.